Banana Kong cũng cung cấp một hệ thống nhiệm vụ tương tự như những trò chơi "endless running" hiện nay, mỗi khi hoàn thành người chơi sẽ kiếm thêm được chuối. Nhìn chung, hệ thống này không có gì quá nổi bật, nó như một phần không thể thiếu đối với thể loại game này. Chú ý là các nhiệm vụ chỉ có hiệu lực trong 1 lượt chơi.